지방대학과 기초학문분야가 일방적으로 피해를 볼 수 있는 현행 대학구조조정방식을 대학교육의 질을 전반적으로 높일 수 있는 공정한 방향으로 개선해야 한다는 목소리가 높다. 반면 교육과학기술부는 현재의 부실대학 선정기준이 충분한 연구 끝에 도출된 것이며, 구조조정 작업을 미룰 수 없다는 입장이어서 논란이 이어지고 있다.

교과부는 정부재정지원제한대학과 학자금대출제한대학에 이어 부실대학 선정 과정 중 세 번째인 경영부실대학 지정결과를 12월 중 발표할 계획이라고 15일 밝혔다. 교과부, 사학진흥재단, 회계법인 관계자 등으로 구성된 실사팀은 2013학년도 학자금대출제한대학 8개교를 대상으로 점검을 마치고 결과를 분석하고 있다. 경영부실대학으로 지정되면 일정기간의 경영개선작업을 거쳐 최종적으로 퇴출될 수도 있기 때문에 해당 학교들은 바짝 긴장하고 있다.